全國(guó)股份轉(zhuǎn)讓系統(tǒng)與滬深交易所的法律性質(zhì)和市場(chǎng)地位相同——同為全國(guó)性證券交易場(chǎng)所；監(jiān)管體系相同——均由中國(guó)證監(jiān)會(huì)統(tǒng)一監(jiān)管。

全國(guó)股份轉(zhuǎn)讓系統(tǒng)與滬深交易所的區(qū)別主要體現(xiàn)在服務(wù)對(duì)象、制度規(guī)則設(shè)計(jì)等方面。

全國(guó)股份轉(zhuǎn)讓系統(tǒng)（新三板）主要服務(wù)于創(chuàng)新型、創(chuàng)業(yè)型、成長(zhǎng)型中小微企業(yè)，其掛牌企業(yè)與上市公司相比，“小而美”的特征十分明顯。

企業(yè)規(guī)模不大、處于成長(zhǎng)早期，但具有成熟的盈利模式，在一些細(xì)分行業(yè)占據(jù)領(lǐng)導(dǎo)地位，具有較好的成長(zhǎng)潛力和廣闊的發(fā)展前景。這類企業(yè)由于具有“輕資產(chǎn)”等特點(diǎn)，難以從銀行類機(jī)構(gòu)獲得及時(shí)、充足的信貸資金支持，而滬深交易所較高的市場(chǎng)準(zhǔn)入門檻，也讓此類企業(yè)難以借力資本市場(chǎng)。

全國(guó)股份轉(zhuǎn)讓系統(tǒng)將此類企業(yè)作為主要服務(wù)對(duì)象，使資本市場(chǎng)支持實(shí)體經(jīng)濟(jì)從以往的成長(zhǎng)后期和成熟期前移到創(chuàng)業(yè)前期和成長(zhǎng)初期。企業(yè)可以更早登陸資本市場(chǎng)，進(jìn)而帶動(dòng)社會(huì)資本

對(duì)創(chuàng)新體系的支持前移。因此，全國(guó)股份轉(zhuǎn)讓系統(tǒng)的出現(xiàn)，大大提升了資本市場(chǎng)容量，吸引各類金融資源聚集，真正實(shí)現(xiàn)圍繞產(chǎn)業(yè)鏈部署創(chuàng)新鏈，圍繞創(chuàng)新鏈完善資金鏈的創(chuàng)新驅(qū)動(dòng)戰(zhàn)略要求。

為加大資本市場(chǎng)對(duì)中小微企業(yè)、自主創(chuàng)新型企業(yè)的支持力度，全國(guó)股份轉(zhuǎn)讓系統(tǒng)立足于企業(yè)特點(diǎn)和實(shí)際需求，制定了一系列有別于滬深交易所的掛牌準(zhǔn)入、發(fā)行融資、交易結(jié)算、并購(gòu)重組和投資者適當(dāng)性等方面的制度規(guī)則。

如在掛牌準(zhǔn)入方面，全國(guó)股份轉(zhuǎn)讓系統(tǒng)不設(shè)財(cái)務(wù)門檻，申請(qǐng)掛牌的股份公司可以尚未盈利，只要股權(quán)結(jié)構(gòu)清晰、經(jīng)營(yíng)合法規(guī)范、公司治理健全、業(yè)務(wù)明確并履行信息披露義務(wù)并經(jīng)主辦券商推薦即可；在交易制度方面，針對(duì)中小微企業(yè)股本規(guī)模較小、股權(quán)分散度較低的現(xiàn)實(shí)特點(diǎn)，以及未來(lái)股本擴(kuò)張、公允定價(jià)等需求，提供協(xié)議、做市和競(jìng)價(jià)三種交易方式；為有效防范風(fēng)險(xiǎn)外溢，放大市場(chǎng)創(chuàng)新空間，設(shè)立了較高的投資者適當(dāng)性標(biāo)準(zhǔn)等。