1、產(chǎn)權(quán)關(guān)系不同。特許經(jīng)營(yíng)是獨(dú)立主體之間的合同關(guān)系，各個(gè)特許加盟店的資本是相互獨(dú)立的，與總部之間沒(méi)有資產(chǎn)紐帶；而直營(yíng)連鎖店都屬于同一資本所有，各個(gè)連鎖店由總部所有并直接運(yùn)營(yíng)、集中管理。這是特許經(jīng)營(yíng)與直營(yíng)連鎖最本質(zhì)的區(qū)別。特許經(jīng)營(yíng)總部由于利用他人的資金迅速擴(kuò)大產(chǎn)品的市場(chǎng)占有率，所需資金較少。相比之下，直營(yíng)連鎖的發(fā)展更易受到資金和人員的限制。

　　2、法律關(guān)系不同。特許經(jīng)營(yíng)中特許人（總部）和被特許人（加盟店）之間的關(guān)系是合同關(guān)系，雙方通過(guò)訂立特許經(jīng)營(yíng)合同建立起關(guān)系，并通過(guò)合同明確各自的權(quán)利和義務(wù)。而直營(yíng)連鎖中總部與分店之間的關(guān)系則由內(nèi)部管理制度進(jìn)行調(diào)整。

　　3、管理模式不同。特許經(jīng)營(yíng)的核心是特許經(jīng)營(yíng)權(quán)的轉(zhuǎn)讓?zhuān)卦S人（總部）是轉(zhuǎn)讓方，被特許人（加盟店）是接受方，特許經(jīng)營(yíng)體系是通過(guò)特許者與被特許者簽訂特許經(jīng)營(yíng)合同形成的。各個(gè)加盟店的人事和財(cái)務(wù)關(guān)系相互獨(dú)立，特許人無(wú)權(quán)進(jìn)行干涉。而在直營(yíng)連鎖經(jīng)營(yíng)中，總部對(duì)各分店擁有所有權(quán)，對(duì)分店經(jīng)營(yíng)中的各項(xiàng)具體事務(wù)均有決定權(quán)，分店經(jīng)理作為總部的一名雇員，完全按總部意志行事。

　　4、涉及的經(jīng)營(yíng)領(lǐng)域不完全相同。直營(yíng)連鎖的范圍一般限于商業(yè)和服務(wù)業(yè)，而特許經(jīng)營(yíng)的范圍則寬廣得多，除商業(yè)、零售業(yè)、服務(wù)業(yè)、餐飲業(yè)、制造業(yè)、高科技信息產(chǎn)業(yè)等領(lǐng)域外，在制造業(yè)也被廣泛應(yīng)用。